新的评价指标体系由国家高新区评价指标体系和区域环境测度指标两大部分组成。国家高新区评价指标体系由知识创造和孕育创新能力、产业化和规模经济能力、国际化和参与全球竞争能力、高新区可持续发展能力4个一级指标构成，下设44个二级指标。区域环境测度指标由经济支撑、知识支撑、环境支撑3个一级指标构成，下设13个二级指标。

　　与以往不同，本次制定国家高新区评价指标体系的原则是：国家高新区作为国家的政策工具，评价指标体系应定位于“政策评价”，从“四位一体”和“五个转变”出发建立指标体系；从支撑性、投入性、和产出性等不同角度选取指标，尽可能使同一层次各指标具有独立性；用效率等比值型指标，不用总量等规模型指标，消除总量或规模等政策覆盖面的差异性影响；尽可能用可统计的量化指标，适当选择定性指标；按少、简、易操作的原则选择指标。

　　新的《国家高新技术产业开发区评价指标体系》的主要特点是：

　　一是政策评价，强调目的性。定位于“政策评价”，不是强调高新区自然发展达到的状态，而是强调高新区对国家导向目标的实现程度。

　　二是突出重点，引导方向。通过人才、专利、研发投入、高新技术产业、高技术服务业、规模以下科技企业等以及资本、技术、土地、资源等各种效率指标，重点强调“自主创新、创业环境、内生增长、资源有效利用”等方面，引导高新区的发展方向。

　　三是考虑差异，分类指导。充分考虑各高新区的土地面积、发展基础、支撑环境等差异，用“人均”、“地均”等指标，并引入“区域测度指标”，体现分类指导的思想，消除客观条件不平衡的影响，使评价结果和排序科学、公平、合理。

　　四是定量为主，定性为辅。在44个评价指标中，定量指标共39个，定性指标只有5个。

　　五是动态监测，国际接轨。评价指标尽量能与国际通用指标对照，便于与国际接轨，并借鉴《OECD科学技术和工业记分牌》，建立高新区评价记分牌，通过长期观察和分析大样本的统计指标，既能不断筛选出更科学的评价指标，完善高新区统计和评价指标，也能实现对每个高新区发展状况的动态监测。

　　自国家高新区建立以来，由科技部火炬中心先后于1993年、1999年和2004年三次制定和修改国家高新区评价指标体系。国家高新区评价指标体系对不同时期高新区的建设、发展起到了积极的推动作用。以往的国家高新区评价指标体系主要关注高新区当期达到的发展状态，并对国家高新区的发展状况进行排序比较，是一种基于系统的绩效评价。